Pháp luật Việt Nam hiện hành ghi nhận cơ chế phạt vi phạm hợp đồng khi và chỉ khi có sự thoả thuận giữa các bên. Khái niệm này được quy định tại Khoản 1 Điều 418 Bộ luật dân sự năm 2015 (“BLDS”). Phạt vi phạm là sự thỏa thuận giữa các bên trong hợp đồng, theo đó bên vi phạm nghĩa vụ phải nộp một khoản tiền phạt cho bên bị vi phạm do hành vi vi phạm hợp đồng/thỏa thuận.

Tùy thuộc vào tính chất hợp đồng, mức phạt vi phạm được quy định trong từng trường hợp khác nhau. Đối với các giao dịch dân sự thông thường như Hợp đồng thuê nhà, Hợp đồng mua tài sản không nhằm mục đích sinh lợi, Bộ luật dân sự đề cao tính thoả thuận giữa các bên nên mức phạt vi phạm không bị giới hạn và hoàn toàn do các bên thoả thuận (Khoản 2 Điều 418 BLDS). Trong khi đó tổng mức phạt vi phạm trong Hợp đồng thương mại và Hợp đồng xây dựng được quy định lần lượt không được quá 8% và 12% giá trị phần nghĩa vụ hợp đồng bị vi phạm (Điều 301 Luật thương mại năm 2005, Điều 146 Luật xây dựng 2014).

Do có sự khác nhau trong quy định của pháp luật nên trên thực tế tồn tại khá nhiều hợp đồng nhầm lẫn giữa việc áp dụng hai quy định này. Trên nguyên tắc ưu tiên áp dụng luật, luật chuyên ngành (Luật Thương mại) phải được ưu tiên áp dụng so với BLDS, tuy nhiên, thực tế tồn tại nhiều hợp đồng giữa hai thương nhân nhưng lại quy định thoả thuận phạt vi phạm lên đến 20% giá trị hợp đồng. Có quan điểm cho rằng tỷ lệ phạt hợp đồng là một trong các điều khoản răn đe các bên vi phạm hợp đồng nên các bên được tự do thỏa thuận về mức phạt vi phạm, nhưng điều này vô hình chung đã đi trái lại với nguyên tắc của Luật Thương mại nên khi giải quyết tranh chấp tại Toà án, Toà chỉ chấp nhận bên vi phạm nghĩa vụ phải trả cho bên bị vi phạm một khoản tiền tương ứng với 8% giá trị phần nghĩa vụ bị vi phạm trong hợp đồng. 

Một vấn đề nữa trong thực tế xét xử gây nhiều tranh cãi trong thời gian dài tại Toà án mà các bên gặp phải và đã được cụ thể hoá ban hành thành án lệ là không tính lãi chậm trả phát sinh đối với khoản tiền phạt vi phạm hợp đồng. Tại Án lệ số 09/2016, Hội đồng Thẩm phán Toà án nhân dân tối cao nhận định: “Về phạt vi phạm hợp đồng: hai bên thỏa thuận: Bên B phải chịu phạt 2% giá trị đơn hàng đã được xác nhận khi bên B vi phạm một trong các trường hợp sau: giao hàng không đúng chủng loại, không giao hàng. Như vậy, Công ty kim khí Hưng Yên không giao đủ hàng cho Công ty thép Việt Ý thì phải bị phạt vi phạm là 2% trên giá trị phần nghĩa vụ hợp đồng bị vi phạm theo quy định tại Điều 300 và Điều 301 Luật thương mại năm 2005. Tòa án cấp sơ thẩm chấp nhận yêu cầu phạt vi phạm hợp đồng của Công ty thép Việt Ý là có căn cứ tuy nhiên lại tính lãi trên số tiền phạt vi phạm hợp đồng là không đúng”. Theo Án lệ 09/2016 nêu trên, không được tính tiền lãi trên khoản tiền phạt vi phạm hợp đồng.

Như vậy, để ràng buộc trách nhiệm pháp lý cao hơn giữa các bên trong hợp đồng, việc quy định phạt vi phạm là cần thiết nhưng cũng cần xem xét mức phạt hợp lý để vừa phù hợp với quy định của pháp luật vừa hạn chế tối đa thiệt hại cho doanh nghiệp khi khởi kiện yêu cầu mức phạt vượt quá mức tối đa pháp luật cho phép hoặc yêu cầu tính tiền lãi đối với khoản tiền phạt và phải nộp án phí cho phần yêu cầu không được Tòa án chấp nhận.