Thông tư quy định rõ về các hành vi vi phạm quyền sở hữu công nghiệp,đáng chú ý việc các tổ chức, cá nhân tái sử dụng, sửa chữa, tái chế sản phẩm, bao bì sản phẩm mang nhãn hiệu, tên thương mại, chỉ dẫn địa lý đã được chủ thể quyền đưa ra thị trường để tạo ra sản phẩm khác cũng sẽ bị coi là hành vi xâm phạm quyền sở hữu công nghiệp hoặc hành vi cạnh tranh không lành mạnh nếu việc sử dụng đó gây nhầm lẫn cho người tiêu dùng về nguồn gốc thương mại của sản phẩm, chủ thể kinh doanh, hoạt động kinh doanh hoặc các đặc tính của sản phẩm theo quy định tương ứng về hành vi xâm phạm quyền sở hữu công nghiệp và hành vi cạnh tranh không lành mạnh.

Trong trường hợp trên sản phẩm đã có thông báo rõ ràng về sản phẩm, bao bì sản phẩm được tái sử dụng, sửa chữa, tái chế và đã loại bỏ các dấu hiệu có khả năng gây nhầm lẫn cho người tiêu dùng về nguồn gốc thương mại của sản phẩm, chủ thể kinh doanh, hoạt động kinh doanh hoặc các đặc tính của sản phẩm theo quy định tương ứng về hành vi xâm phạm quyền sở hữu công nghiệp và hành vi cạnh tranh không lành mạnh. Ngoài ra theo quy định mới của Thông tư số 11/2015/TT-BKHCN, ngoài hình thức xử phạt chính, doanh nghiệp sẽ bị áp dụng các hình thức xử phạt bổ sung và biện pháp khắc phục hậu quả tùy theo tính chất và mức độ của hành vi vi phạm.Các hình thức xử phạt bổ sung theo quy định tại Nghị định 99/2013/NĐ-CP bao gồm:

Theo Thông tư 11/2015/TT-BKHCN, hình thức phạt bổ sung tịch thu tang vật, phương tiện vi phạm chỉ áp dụng với vi phạm do lỗi cố ý trong các trường hợp: hàng hóa không xác định được người vi phạm; cần thiết để bảo đảm tang vật không bị tiêu hủy, tẩu tán hoặc ngăn ngừa khả năng hành vi vi phạm tiếp theo.

Về các biên pháp khắc phục, Thông tư Thông tư số 11/2015/TT-BKHCN chia ra làm nhiều trường hợp tùy thuộc vào mức độ vi phạm, cụ thể:

1. Biện pháp buộc loại bỏ yếu tố vi phạm:           

• Buộc loại bỏ yếu tố vi phạm áp dụng trong trường hợp tang vật, phương tiện vi phạm là sản phẩm, hàng hóa, biểu hiện, phương tiện kinh doanh, giấy tờ giao dịch gắn dấu hiệu xâm phạm quyền sở hữu công nghiệp hoặc gắn chỉ dẫn thương mại gây nhầm lẫn. 
• Buộc thay đổi thông tin tên miền hoặc trả lại tên miền.
• Buộc thay đổi tên doanh nghiệp, loại bỏ yếu tố vi phạm trong tên doanh nghiệp

2. Biện pháp tiêu hủy hàng hóa, tang vật và phương tiện

3. Biện pháp buộc nộp lại số lợi bất hợp pháp có được do thực hiện hành vi vi phạm.

Thông tư  cũng quy định cơ quan có thẩm quyền tham khảo ý kiến của chủ thể có quyền sở hữu công nghiệp, người yêu cầu xử lý vi phạm cũng như các cá nhân, tổ chức có liên quan. Doanh nghiệp thực hiện hành vi vi phạm phải chịu mọi chi phí cho việc thực hiện các biện pháp khắc phục hậu quả theo quy định pháp luật xử lý vi phạm hành chính. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 11/08/2015.