Ngày 9/7/2020, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 65/2020/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 302/2016/TT-BTC ngày 04/10/2016 hướng dẫn về lệ phí môn bài (“Thông tư 65/2020/TT-BTC”) với một số nội dung đáng chú ý như sau: 

Thông tư số 65/2020/TT-BTC đã hướng dẫn chi tiết các trường hợp được miễn lệ phí môn bài theo khoản 1 Điều 1 Nghị định số 22/2020/NĐ-CP ngày 24/02/2020 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 139/2016/NĐ-CP ngày 04/10/2016 của Chính phủ quy định về lệ phí môn bài. Theo đó, sẽ có thêm 5 trường hợp được miễn lệ phí môn bài, cụ thể: 

Thứ nhất, doanh nghiệp nhỏ và vừa chuyển từ hộ kinh doanh được miễn lệ phí môn bài trong thời hạn 03 năm kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.

Chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của doanh nghiệp nhỏ và vừa (thuộc diện miễn lệ phí môn bài theo quy định tại Điều 16 Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa) được thành lập trước ngày Nghị định số 22/2020/NĐ-CP ngày 24/02/2020 của Chính phủ có hiệu lực thi hành thì thời gian miễn lệ phí môn bài của chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh được tính từ ngày 23/8/2020 đến hết thời gian doanh nghiệp nhỏ và vừa được miễn lệ phí môn bài.

Doanh nghiệp nhỏ và vừa chuyển đổi từ hộ kinh doanh trước ngày 23/8/2020 thực hiện miễn lệ phí môn bài theo quy định tại Điều 16 và Điều 35 Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa.

Thứ hai, Hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã (bao gồm cả chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh) hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp theo quy định của pháp luật về hợp tác xã nông nghiệp.

Hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã (bao gồm cả chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh) phải được thành lập, hoạt động theo quy định của Luật Hợp tác xã; Lĩnh vực nông nghiệp hoạt động được xác định theo quy định tại Điều 3 Thông tư số 09/2017/TT-BNNPTNT ngày 17/4/2017 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn hướng dẫn phân loại và đánh giá hợp tác xã hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, bao gồm cả trường hợp hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã có hoạt động sản xuất, kinh doanh trong nhiều lĩnh vực, trong đó có lĩnh vực nông nghiệp. 

Thứ ba, quỹ tín dụng nhân dân; chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và của doanh nghiệp tư nhân kinh doanh tại địa bàn miền núi. Địa bàn miền núi được xác định theo quy định của Ủy ban Dân tộc.

Thứ tư, miễn lệ phí môn bài trong năm đầu thành lập hoặc ra hoạt động sản xuất, kinh doanh (từ ngày 01/01 đến ngày 31/12) đối với: Tổ chức thành lập mới (được cấp mã số thuế mới, mã số doanh nghiệp mới); Hộ gia đình, cá nhân, nhóm cá nhân lần đầu ra hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Trong thời gian miễn lệ phí môn bài, tổ chức, hộ gia đình, cá nhân, nhóm cá nhân thành lập chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh thì chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh được miễn lệ phí môn bài trong thời gian tổ chức, hộ gia đình, cá nhân, nhóm cá nhân được miễn lệ phí môn bài. Trường hợp tổ chức thành lập mới, hộ gia đình, cá nhân, nhóm cá nhân lần đầu ra hoạt động sản xuất, kinh doanh trước ngày 25/02/2020 và thành lập chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh từ ngày 25/02/2020 (nếu có) thì tổ chức, hộ gia đình, cá nhân, nhóm cá nhân, chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh thực hiện nộp lệ phí môn bài theo quy định tại Nghị định số 139/2016/NĐ-CP ngày 04/10/2016 của Chính phủ quy định về lệ phí môn bài.

Thứ năm, miễn lệ phí môn bài cho cơ sở giáo dục phổ thông công lập và cơ sở giáo dục mầm non công lập.

Tại Khoản 3 Điều 1 Thông tư cũng nêu rõ mức thu lệ phí môn bài đối với cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ như sau: Đối với cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 500 triệu đồng/năm thì mức thu lệ phí là 1.000.000 đồng/năm; đối với cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 300 đến 500 triệu đồng/năm thì mức thu lệ phí là 500.000 đồng/năm; Còn đối với cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 100 đến 300 triệu đồng/năm thì mức thu lệ phí là 300.000 đồng/năm.

Cụ thể,  Thông tư số 92/2015/TT-BTC đã hướng dẫn thực hiện thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập cá nhân đối với cá nhân cư trú có hoạt động kinh doanh; hướng dẫn thực hiện một số nội dung sửa đổi, bổ sung về thuế thu nhập cá nhân quy định tại Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế số 71/2014/QH13 và Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/02/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định về thuế.

Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình đã giải thể, tạm ngừng sản xuất, kinh doanh sau đó ra kinh doanh trở lại không xác định được doanh thu của năm trước liền kề thì doanh thu làm cơ sở xác định mức thu lệ phí môn bài là doanh thu của năm tính thuế của cơ sở sản xuất, kinh doanh cùng quy mô, địa bàn, ngành nghề theo quy định tại Thông tư số 92/2015/TT-BTC.

Doanh thu để làm căn cứ xác định mức thu lệ phí môn bài đối với cá nhân có hoạt động cho thuê tài sản là doanh thu tính thuế thu nhập cá nhân của các hợp đồng cho thuê tài sản của năm tính thuế.

Trường hợp cá nhân phát sinh nhiều hợp đồng cho thuê tài sản tại một địa điểm thì doanh thu để làm căn cứ xác định mức thu lệ phí môn bài cho địa điểm đó là tổng doanh thu từ các hợp đồng cho thuê tài sản của năm tính thuế.

Trường hợp cá nhân phát sinh cho thuê tài sản tại nhiều địa điểm thì doanh thu để làm căn cứ xác định mức thu lệ phí môn bài cho từng địa điểm là tổng doanh thu từ các hợp đồng cho thuê tài sản của các địa điểm của năm tính thuế, bao gồm cả trường hợp tại một địa điểm có phát sinh nhiều hợp đồng cho thuê tài sản.

Trường hợp hợp đồng cho thuê tài sản kéo dài trong nhiều năm thì nộp lệ phí môn bài theo từng năm tương ứng với số năm cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình khai nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân.

Trường hợp cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình khai nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân một lần đối với hợp đồng cho thuê tài sản kéo dài trong nhiều năm thì chỉ nộp lệ phí môn bài của một năm.

Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình, địa điểm sản xuất, kinh doanh (thuộc trường hợp không được miễn lệ phí môn bài) nếu ra sản xuất kinh doanh trong 06 tháng đầu năm thì nộp mức lệ phí môn bài cả năm, nếu ra sản xuất kinh doanh trong 06 tháng cuối năm thì nộp 50% mức lệ phí môn bài của cả năm.